Делопроизводство с документами с грифом “коммерческая тайна” организует и осуществляет подразделение экономической безопасности в специально выделенных отдельных помещениях, оборудованных надежными закрывающими устройствами, охранной сигнализацией, при наличии необходимого количества сейфов и металлических шкафов для хранения документов, образцов изделий, продукции, содержащих коммерческую тайну.
Учет входящих, внутренних и выходных документов осуществляется в журналах. Основным принципом учета является однократность присвоения регистрационного номера в журнале учета документов и изданий с грифом "Коммерческая тайна".