При проведении внутреннего экоаудита, эколог обязан контролировать соответствие деятельности аудиторов пунктам процедуры экологического аудита. При поведении внешнего инициативного экоаудита и обязательного экоаудита на конкурсной основе эколог обязан предоставить в распоряжение аудиторов типовую программу проведения экоаудита, принятую на предприятии.
В аудиторском заключении в краткой форме формулируются основные результаты экоаудита, выводы и рекомендации. Результаты аудита эколог фиксирует в специальном журнале.